La iglesia de Santa María de los Huertos, como se llamó en un principio, fue erigida a finales del siglo XII. En el primer tercio del siglo XIV se le añadió una segunda nave gótica, destinada al culto a la imagen del Crucificado. El hecho de que la iglesia cuente con dos naves es algo excepcional en la arquitectura navarra. Sólo hay otra iglesia con esta característica: San Nicolás de Rada, en Murillo el Cuende. La iglesia se emplaza en el poblado de Murugarren, conocido también como Villa Vieja que, al parecer, era el más antiguo de Puente la Reina/Gares.

La portada es de comienzos del siglo XIII y cuenta con una profusa decoración de motivos vegetales, animales y numerosas figuras que representan diferentes pecados. En concreto, la arquivolta de la portada es una inmejorable catequesis de profundo contenido moral y teológico para los peregrinos.

La iglesia y el convento adyacentes sufrieron un importante deterioro a lo largo del siglo XIX motivados por la desamortización y por los efectos de las guerras carlistas. En 1834 Zumalacárregui utilizó la iglesia como cuartel, almacén de pólvora, hospital de guerra y cárcel. De hecho, la iglesia dejó de ser una fundación monástica y hospitalaria de la Orden de San Juan de Jerusalén y el edificio no se abrió de nuevo al culto hasta 1951, tras cinco años de restauración, aunque ya desde 1919 se habían instalado en el convento lo padres Reparadores, que hoy día tienen en el mismo un centro de enseñanza secundaria.

La iglesia románica estuvo presidida por una talla de la Virgen del Niño de finales del siglo XII que hoy día se encuentra en la Iglesia de Santiago. En su lugar se encuentra una imagen procedente de Urdánoz del último tercio del siglo XII. La nave gótica acoge a un Crucificado gótico del siglo XIV. Se trata de una obra excepcional en la imaginería medieval, mezcla de influencias alemanas (de la Renania) e italianas.

Junto a la iglesia se encuentra el convento, que ocupa el antiguo emplazamiento del hospital de los templarios y que posteriormente fue restaurado y ampliado al hacerse cargo del mismo la Orden de San Juan de Jerusalén, a mediados del siglo XV.